鼻拭子和咽拭子区别主要在于留取标本位置、材质不一样，通常一样准确。咽拭子是在咽部，鼻拭子需要到鼻腔里，不是外鼻腔，是需要用比较长的拭子，缓缓旋转送到鼻腔深部，所以取材的部位不一样。鼻拭子情况特殊，材质比较软，便于通过鼻腔到达鼻腔深部，采取的过程可能会比咽拭子时间长。鼻拭子和咽拭子相比，鼻拭子会更加痛苦一些。由于咽拭子是通过棉签沾取咽喉部位的分泌物进行监测的，在此过程中，被检测者可能只会出现恶心呕吐的症状，而并不会出现其他明显的疼痛感。鼻拭子是将棉签插入鼻腔的深处沾取分泌物进行监测的，在整个过程中，患者会出现比较强烈的疼痛反应，并且这种疼痛感持续的时间比较久，甚至还可能会出现流鼻血的症状。
咽部分区包括鼻咽、口咽、喉咽，三者的黏膜是连续的，均属于上呼吸道的区域。鼻咽拭子和口咽拭子只是取样的路径不一样，经口取样是口咽拭子，经鼻取样为鼻咽拭子。由于口咽拭子张口就能进行操作，相对简单，因此临床上比较常用。不过，经口咽取样者暴露的风险更高。操作者往往需要正对患者口腔，采集过程中患者容易出现刺激性干咳、呕吐等症状使采集者暴露在带病毒的气溶胶中。鼻咽拭子相对口咽拭子有几个优点。取样时可以在咽部停留较长的时间，以便获得更足量的标本，这也是文献报道其阳性率高于口咽拭子的原因。
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